Stranica 1 od 1
za org- kemičare i biokemičare - une question
Poslato: 23 Jun 2007, 16:29
od XanaX
nisam znao gdje bih drugdje ovo ubacio... zamolio bih kojeg forumaša / forumašicu koja je malo u org. kemiji (prvenstveno) da mi onako, alički, proba objasniti I/reverzibilnost ondosno termodinački aspekt aldolne kond. , Cleisenove ester. kond. (može i mixed tipova). daklem, koji su gl. faktori koji utječu na deltaG tih reakcija... znam, preopširno je, ali zašto je npr. retroaldolna kond. fruktoze 1,6-bisfosfata pri st. uvjetima totalno endergona , per example... ili da jednostavno ignoriram to i učim napamet?
Poslato: 23 Jun 2007, 18:52
od Escobar
pravilo je da nema pravlia. ucis napamet
narocito stereoselektivnost alodlnih reakcija je nesto gde nikako ne mozes da nadjes smisao, ima par caka ali svaka ima milion izuzetaka.
sto se termod apekta tice, kod Claisena je poenta da poslednji korak odredjuje (i)reverzivilnost, dakle protonovanje baze, a opet velicina G i H zavisi od toga kakav je supstrat, imas li efekte konjigacije, induktivne efekte ili ne (narocito ako imas reakciju kod koje je znacajna i regioselektivnost).
dalje, Dickmann ove rje su generalno favorizovane, narocito kod formiranja 5oclanih i 6oclanih prstenova.
I tako....nista pametno ti nisam rekao.
Poslato: 24 Jun 2007, 12:36
od XanaX
tako sam i mislio... hvala na potvrdi da se radi o nečemu što samo po sebi nije objašnjivo... thanks...
mrzim takve stvari, kad svuda trubi o i/reverzibilnosti i sl. i onda dođu enolnat-ioni i ... ni riječi, samo brojke, minus, plus i sl...
npr. u organskoj piše da su kod Claisena termodinamički ok kondenz. kod kojih nastaju beta-ketoesteri, a u biokemijama ističu kako kond. acetil CoA-a nije termodinamički favorizirana ( u smislu stand. uvjeta), ali se odvija zbog niske konc. produkta (naredna je reakcija, koja je,ako se ne varam, mixed aldol-ester. kond, termodinamcki valjda povoljna...), i ok, još bih to shvatio, u stilu, nisu org. kemičari mislili na estere s CoA kao izlaznom skupinom, a onda baš upadne u org. kemiji ta reakcija kao "primjer" iz enzimologije... dvije knjige, dva razl. tumačenja...
o stereokemiji se ne brinem previše, enzimske su načelno stereoselektivne same po sebi
Poslato: 21 Sep 2007, 01:55
od Aradija
e odes na forum
http://www.viva-fizika.org/phpBB2/index.php
tamo mozes pitati sve sto te interesuje
Poslato: 22 Sep 2007, 14:43
od XanaX
zgodan link, hvala
Poslato: 22 Sep 2007, 15:09
od Escobar
Pa u principu, mi organohemicari smo vrlo radikalni, za nas su 'favorizovane' i one reakcije koje se desavaju na 150 stepeni, sto naravno, sa biohemijskog aspekta nema smisla. Sve zavisi od konteksta.
I opet ti kazem, aldolne reakcije su jedne od najsusceptibilnijih, nema apsolutno nikakvog pravila...
Poslato: 26 Sep 2007, 20:42
od XanaX
@escobar...
ma, problem je gotov, ja sam bio jedina budala koja je pokušavala utrpati termodinamiku u metabolizam...
off:
zanimaju biokemičare, inače, i "ekstremni" uvjeti... npr. proteine "koljemo" na 100 C , 24 h, uz 1M HCl
no, za moju domenu, mol. biologiji, sva ta zagrijavanja i hlađenja npr. u PCR-u, RT-PCR i sl. idu po manuelima, tak' da nitko više ni ne pita na entalpiju i sl...
(mi samo "šljakamo" po recepturama)
Poslato: 26 Sep 2007, 22:05
od Escobar
Mislio sam na to da termodinamika reakcija u organizmu i reakcija u lab svakako ne moze da se poredi
A ja zato ne volim ceo taj domen, jer je sve po kuvaru. Tri minuta na 98 pa onda na 65 i slicno... Licno, mene interesuje ZASTO, tako da mi je fundamentalan pristup drazi...
Poslato: 05 Okt 2007, 11:59
od XanaX
well, pitati se neprestano "zašto" je svakako dobar pristup znanosti. jedino tako, i naravno - slučajno, dolazi i do nekih progresa...
samo, praktički u svakoj znans. disciplini postoje "pomoćne" znanosti koje je dobro poznavati, ali truditi se ići do "fundamentalnog" je vrlo teško...
daklem, kemiju ipak shvaćam kao "pomoćno sredstvo" koje mi pomaže da se snađem u labosu, da znam izračunati konc. i sl. iako sam još uvijek zavidan kad vidim fizikalnu ili analitičku kemiju pretočenu u matematiku i fiziku... biologija je doduše došla do informatičke genomike i proteomike, no, to me područje baš i ne zanima...
Poslato: 05 Okt 2007, 12:01
od shishmish
Originally posted by Escobar
Pa u principu, mi organohemicari smo vrlo radikalni, za nas su 'favorizovane' i one reakcije koje se desavaju na 150 stepeni, sto naravno, sa biohemijskog aspekta nema smisla. Sve zavisi od konteksta.
I opet ti kazem, aldolne reakcije su jedne od najsusceptibilnijih, nema apsolutno nikakvog pravila...
vidi, vidi... imam kolege
Poslato: 09 Okt 2007, 10:27
od HPLC
Poslato: 09 Okt 2007, 10:35
od Escobar
Jao koliko nas je
Srce mi je puno
Poslato: 16 Okt 2009, 17:00
od Mage
Poslato: 16 Okt 2009, 17:12
od haemoglobin
Originally posted by XanaX
@escobar...
ma, problem je gotov, ja sam bio jedina budala koja je pokušavala utrpati termodinamiku u metabolizam...
off:
zanimaju biokemičare, inače, i "ekstremni" uvjeti... npr. proteine "koljemo" na 100 C , 24 h, uz 1M HCl
no, za moju domenu, mol. biologiji, sva ta zagrijavanja i hlađenja npr. u PCR-u, RT-PCR i sl. idu po manuelima, tak' da nitko više ni ne pita na entalpiju i sl... (mi samo "šljakamo" po recepturama)
pa npr kod PCR-a sa Taq polimerazom se zagreva cela smesha na 96 stepeni da bi se ds DNK razdvojio, a potom hladi na 40-60 stepeno da bi se vezao prajmer, a zatim ponovo zagreva na oko 72 stepena da bi se Taq polimeraza aktivirala maksimalno...jer je izolovana iz Termus aquaticusa koji zivi u termalnim vodama od oko 110 stepeni
pozzz kolegama
Poslato: 16 Okt 2009, 17:32
od Mage
Originally posted by XanaX
nisam znao gdje bih drugdje ovo ubacio... zamolio bih kojeg forumaša / forumašicu koja je malo u org. kemiji (prvenstveno) da mi onako, alički, proba objasniti I/reverzibilnost ondosno termodinački aspekt aldolne kond.
Pa probaću da ti objasnim koliko znam: U prisustvu baze (hidroksida) ti jedan deo aldehida prelazi u enolatni oblik zbog deprotonizacije na alfa C-atomu. Termodinamički ovo nije toliko nepovoljno jer je zbog induktivnog efekta kiseonika karbonilne grupe elektronski oblak pomeren ka alfa C-atomu te je otpuštanje vodonika sa tog atoma olakšano a i dolazi do stabilizacije nastalog anjona rezonancijom
U sledećem koraku dvostruka veza (pi elektronski oblak) nastalog enolata napada elektrofilni karbonilni C-atom aldehida. Termodinamički ovo opet nije nepovoljno zbog pomeranja elektronskog "oblaka" ka elektronegativnijem atomu molekulu (kiseoniku). Dvostruka veza je nukleofilna, a karbonilni C-atom elektrofilan pa nema poteškoća
U poslednjem koraku, nastali aldolni anjon uzima proton iz vode jer je alkoksidna grupa izuzetno jaka baza. Ovo je termodinamički najpovoljnije.
Poenta je da svaki naredni korak reakcije "vuče" prethodni jer se tokom reakcije troše reaktanti pa ravnoteža svakog koraka teži da se uspostavi. Poslednji korak je TD najpovoljniji pa "vuče" ostale korake
Nadam se da sam potrefio to što ti nije bilo jasno. A što se tiče delta G, nemoj se time opterećivati tu ne igra ulogu samo entalpija već i entropija i temp. na kojoj se reakcija odvija
Poslato: 17 Maj 2011, 21:11
od HPLC
